El procedimiento y los criterios de selección se especifican en la convocatoria. En líneas generales, una vez se ha publicado una convocatoria, los interesados pueden enviar una solicitud (formulario normalizado) y documentación que debe evaluar una Comisión Evaluadora formada por técnicos de Mallorca Rural y FOGAIBA. Si pasa la Comisión, Mallorca Rural prepara el expediente y los informes pertinentes (de viabilidad y elegibilidad) para que FOGAIBA revise y, en su caso, emita un informe de subvencionalidad. Cuando la Junta Directiva de Mallorca Rural propone la concesión de las ayudas, FOGAIBA resuelve la concesión y lo comunica al interesado que tiene que ejecutar el proyecto según los términos establecidos (gastos y plazo). Tras realizarse, el beneficiario puede hacer la justificación técnica y económica, que será revisada por técnicos de Mallorca Rural. Finalmente, FOGAIBA verificará y ordenará el pago de la ayuda concedida.
Cualquier modificación del proyecto se debe comunicar a Mallorca Rural.